V roce 1992 se stal ředitelem školy PaedDr. Jaromír Nyklíček. Od něho pocházejí následující informace: "Při mém nástupu do funkce jsem se snažil uskutečňovat některé prvky vedoucí k modernizaci, zejména technického vybavení budovy. Za vydatné finanční podpory obecního úřadu se podařilo v roce 1996 provést generální rekonstrukci sociálních zařízení v hlavní budově. Při níž byla tato zařízení od základů zmodernizována. V roce 1997 se uskutečnila oprava elektroinstalace v celé hlavní budově a byla namontována nová zářivková svítidla. Při této příležitosti byla budova nově vymalována. V tomto období byly rovnž vybudovány nové kabinety fyziky, přírodopisu a prvního stupně. Do uvolněného prostoru po kabinetu fyziky byla přestěhována školní dílna, která do té doby byla umístěna v objektu a.s. Veba. V prostoru, kde se dříve nacházel kabinet přírodopisu a sklad pomůcek pro I. stupeň, se upravil byt pro nové učitele, protože škola nemá byty a neustále se potýká s nedostatkem kvalifikovaných učitelů."
Dosavadním vrcholem úprav bylo provedení nové venkovní omítky hlavní budovy v roce 1999. Nutno podotknout, že veškeré náklady s tím spojené nese obecní úřad. Bez jeho vstřícného přístupu a vydatné finanční podpory by nebylo možné vybudovat moderní počítačovou učebnu v roce 2000. Právem jsme pyšni na to, že i venkovská škola může svým žáákům a koneckonců i vyučujícím poskytnout přístup k moderní výpočetní technice a tím jim umožnit získávat základy počítačové gramotnosti. Vyučující si zvykají používat počítače při výuce a slouží jim i pro přípravu na vyučování. Samozřejmostí je i přístup do sítě Internet. Vzhledem k tomu, že škola je umístěna ve dvou budovách, je nutno se zmínit i o menší školní budově, kde se uskutečnily rovnž některé důležité opravy. Například celková rekonstrukce střechy, oprava PVC v učebnách a vybavení jedné učebny školním nábytkem. Bylo by chybou usnout na vavřínech, a proto ve spolupráci s obecním úřadem připravujeme další kroky ke zvelebení našeho pracovního prostředí.
Od 1. srpna 2006 byla pověřena vedením školy Mgr. Nadžda Bláhová. Vzhledem ke stále menšímu počtu žáků byla nucena i naše škola přistoupit k organizačním změnám. Od školního roku 2007-2008 byla zrušena výuka v budově čp. 42 a první stupeň společně se školní družinou přestěhován do hlavní budovy. V současné době jsme nuceni spojovat ročníky na prvním stupni, přesto má škola stále devět ročníků, i když jen v sedmi třídách. Spojování ročníků však v žádném přpadě nesnižuje výuku žáků, ba právě naopak. Dává žákům větší prostor k samostatnosti a odpovědnosti.
Od 1. ledna 2008 byla Mgr. Naděda Bláhová jmenována do funkce řditelky školy. Koncem května 2008 byla dokončena rekonstrukce šaten.
Ve školním roce 2009/2010 získal zřizovatel (Obec Martínkovice) dvě dotace k obnově školy. První dotace - "Podpora obnovy venkova", díky které byla vybavena mateřská škola a školní družina novým nábytkem a podlahovou krytinou; druhá dotace - "Program rozvoje venkova ČR - LEADER", ta byla použita na výměnu oken v hlavní budově školy.
V červenci 2010 podalo ředitelství školy žádost o dotaci z programu "EU - peníze školám" (tzv. šablony). Dotace ve výši Kč 674 100,- bude použita na nákup moderních učebních pomůcek (interaktivní tabule, PC, výukové programy atd.), zkvalitnění výuky anglického jazyka a dalšího vzdělávání pedagogických pracovníků.
V roce 2011 navázala naše škola kontakt se Základní školou v Polsku - Ščinávka Dolná, kam jsme byli pozváni v červnu na přátelské sportovní zápolení. Setkání se nad očekávání velmi vydařilo a proto jsme je pozvali v září zase k nám. Setkání bylo opět velmi vstřícné a probíhalo ve sportovním duchu. Všichni věříme, že navázané přátelství mezi oběma školami v příhraničí bude dále pokračovat ve společných projektech.
Usnesením č. 14/I./4 ze dne 20. dubna 2016 zastupitelstvo obce Martínkovice schválilo zrušení 2. stupně Základní škola a mateřské školy Martínkovice.
